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克日，華為與北京大門生物醫(yī)學(xué)前沿立異中間(BIOPIC)、北京大學(xué)化學(xué)與份子工程學(xué)院、深圳灣嘗試室高毅勤傳授課題組結(jié)合推出卵白質(zhì)多序列比對(ProteinMSA)數(shù)據(jù)集，期望在尺度化的數(shù)據(jù)集根底上，支持研討職員開辟先輩的AI模子，加深對卵白質(zhì)構(gòu)造、功用和退化的認(rèn)知，并停止卵白設(shè)想與革新。此數(shù)據(jù)集將公布于華為云AIGallery平臺，相干代碼及數(shù)據(jù)集闡明將依托于華為全場景AI計較框架MindSpore停止開源開放、按期擴大與保護，旨在為全球相干的產(chǎn)、學(xué)、研團隊供給優(yōu)良的數(shù)據(jù)同享處理計劃。本次開源的ProteinMSA數(shù)據(jù)集完整籠蓋最新版本(2021年2月公布)的UniRef50數(shù)據(jù)庫中的卵白質(zhì)序列，接納學(xué)術(shù)界的“金尺度”搜刮辦法，對約0.5億條卵白序列停止了充實的MSA搜刮與比對(MSA均勻深度大于1000)，是今朝天下范疇內(nèi)范圍最大、參考數(shù)據(jù)集最新、籠蓋度最廣的開源卵白質(zhì)MSA數(shù)據(jù)集(之前最大的開源MSA數(shù)據(jù)集包羅10萬個卵白MSA)【1】。人類已知的卵白質(zhì)序列曾經(jīng)超越4.4億條，但僅憑這些卵白質(zhì)單序列數(shù)據(jù)庫，很難理解卵白之間的干系。ProteinMSA數(shù)據(jù)庫是一個對差別卵白質(zhì)序列之間的干系停止了標(biāo)識表記標(biāo)的大范圍“干系型”數(shù)據(jù)庫，被標(biāo)識表記標(biāo)為聯(lián)系關(guān)系的卵白質(zhì)序列之間的類似度、退化干系、漸變地點位點的散布等信息對卵白質(zhì)構(gòu)造和功用的猜測極其主要。為了更好地效勞于跨范疇的研討職員，ProteinMSA數(shù)據(jù)集將被構(gòu)造成具有多重形狀的數(shù)據(jù)格局。原始數(shù)據(jù)集(近30T)將以UniRef系列數(shù)據(jù)庫【2】和UniClust數(shù)據(jù)庫【3】的尺度文本情勢存儲，并根據(jù)序列長度停止朋分與緊縮。為了便于AI范疇的研討職員間接利用，ProteinMSA數(shù)據(jù)集還會將文本格局的數(shù)據(jù)集轉(zhuǎn)化為浮點數(shù)張量范例緊縮存儲，并對已有的AI框架如MindSpore停止數(shù)據(jù)接口的撐持。高毅勤傳授暗示：“我們鼓舞并等待來自生物信息學(xué)、數(shù)據(jù)迷信和AI研討等范疇的專家和人材充實碰撞與協(xié)作，引入、改良或設(shè)想全新的AI模子，來充實地發(fā)掘ProteinMSA數(shù)據(jù)集合所躲藏的‘天然的機密’”。從迷信的角度看，MSA的數(shù)目和質(zhì)量很大水平上影響了今朝最先輩構(gòu)造模子的猜測速率和精度，并且發(fā)生MSA的非參數(shù)化算法還是諸多卵白猜測辦法中決議速率的次要步調(diào)之一。因而，ProteinMSA數(shù)據(jù)庫自己能夠作為這些構(gòu)造猜測模子的預(yù)鍛煉質(zhì)料，用來發(fā)掘序列信息以至疾速天生新的序列特性，這對處理研討、設(shè)想卵白質(zhì)中所面對的高變異序列和孤兒序列等成績具有宏大的潛伏代價。此次數(shù)據(jù)庫的公布，依托于華為云AI

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